Bien que des missionnairaires occidentaux se soient rendus brièvement au Tonkin en 1533, et en Annam en 1596, ce ne fut qu’en 1615 que des dominicains portugais fondèrent les premières missions catholiques à Hoi An, Danang et Hanoi. Les premiers prêtres vietnamiens devaient être ordonnés en 1668.
Après Phat Diem, Tra Co était la 2 ème pénétration du christianisme au Vietnam
Mais cette religion étrangère, qui menaçait les fondements mêmes de la société vietnamienne en considérant le culte du Ciel et culte des Ancêtres comme des pratiques superstitieuses, ne pouvait qu’inquiéter l’élite mandarinale. Dès 1630, la dynastie des Trinh publia le premier d’une série d’édits proscrivant le christianisme. Tout au long du XVIII siècle, les Trinh et les Nguyen menèrent une politique fluctuante, alternant persécutions et tolérance religieuse. C’est à cette époque de troubles que le missionnaire jésuite Alexandre de Rhodes mit au point le Quoc Ngu, ou romanisation de l’écriture vietnamienne, encore utilisé de nos jours. Le pigneau de Behaine, évêque d’Adran, Joua, un rôle déterminant dans l’histoire, tant religieuse que politique, du Vietnam. Il aida Nguyen Anh dans sa politique de reconquête du pays et , de sous le règne du fondateur de la dynastie des Nguyen (1802-1820), les chrétiens jouirent d’une totale liberté religieuse.
Il n’en alla pas de même pour ses successeurs, trs attachés à l’idéologie confucéenne, Minh Mang (1820-1841) interdit en 1825 l’entrée de missionnaires chrétiens sur le territoire vietnamien. Trieu Tri (1841-1847) se montra plus tolérant, mais Tu Duc(1848-1883) fit persécuter les chrétiens. Ces prises de position intransigeantes fournirent un prétexte aux Français pour leur intervention au Vietnam. Parle traité signé en 1862 avec la France, Tu Duc reconnut le libre exercice du culte catholique au Vietnam, mais les persécutions reprirent de plus belle entre 1882 et 1884. Elles devaient cesser en 1885, quand la France eut conquis tout le pays.
Les chrétiens du Vietnam purent dès lors pratiquer leur religion sans être inquiétés. Les congrégations s’implantèrent, ouvrant des écoles, des hôpitaux, et l’Eglise s’organisa. En 1939, on estimait à cent mille le nombre de catholiques, sur une population de dix-huit millions de Vietnamiens.
Pourtant, l’avènement de la république démocratique du Vietnam en 1954, devait changer la face des choses: Sur les huit cent mille Nord-Vietnamiens qui s’enfuirent vers le sud, six cent mille étaient catholiques. Depuis 1975, la liberté de culte est théoriquement garantie, mais il n’en demeure pas moins que le nombre des ordinations est limité et que toutes les écoles catholiques ont été laïcisées. A l’heure actuelle, le Vietnam compte environ cinq millions de catholiques. Avec les touristes visiter le Vietnam, ils pourraient rencontrer ces ethnies surtout au Nord du pays.
Le protestantisme fit son entrée au Vietnam en 1911. Cette communauté recrute la plupart de ses fidèles (environ deux cent mille) parmi les tribus montagnardes du Centre. Comme celle des prêtres catholiques, l’activité des pasteurs protestants est aujourd’hui limitée par le Gouvernement.